Washington DC – Sam Fisher, ne travaille plus pour le gouvernement, mais revient pour accomplir une mission personnelle : enquêter sur le meurtre de sa fille et retrouver les coupables. Ses soupçons s’orientent rapidement vers Echelon 3, l'organisation pour laquelle Sam travaillait auparavant. Il doit faire face à de nombreux agents surentraînés bien déterminés à l’éliminer. Une de ses plus proches connaissances, en qui il avait pleinement confiance, semble bel et bien impliquée aussi… En plus de venger la mort de sa fille, Sam compte bien mettre un terme aux agissements d’Echelon 3 avant que les États-Unis ne soient la cible d’attaques terroristes…